Con fecha 24 de enero de 1991, en el Diario Oficial de la Federación (D.O.F) Artículo 1º se publica el decreto presidencial por el que se crea el Consejo Nacional de Vacunación (CONAVA) como instancia de coordinación y consulta que tendría como objeto primordial, promover, apoyar y coordinar las acciones de las instituciones de salud de los sectores público, social y privado, tendientes a controlar y eliminar las enfermedades transmisibles, a través del establecimiento del Programa de Vacunación Universal, dirigido a la protección de la salud de la niñez.
A partir de 1997 se ampliaron las funciones de responsabilidad del CONAVA al asumir las de coordinación y dirección del Programa de Atención a la Salud de Niño con los componentes de: vacunación, enfermedades diarreicas, infecciones respiratorias agudas y nutrición, en el grupo de menores de cinco años.
El 15 de septiembre de 2000 con la publicación del Reglamento Interior de la SSA, CONAVA adoptó la naturaleza de un órgano desconcentrado ampliando el universo de población del componente vacunación a toda la población del país, incluyendo además de los menores de cinco años, a escolares, adolescentes y adultos.
El 3 de julio del 2001 en el D.O.F. se publica la reforma del CONAVA, agregando la responsabilidad de la atención integral de la población adolescente y cambia su denominación a Centro Nacional para la Salud de la Infancia y Adolescencia (CeNSIA) y el CONAVA queda asignado exclusivamente como órgano colegiado de coordinación en materia de vacunación.
En noviembre de 2005, este Centro Nacional, como órgano desconcentrado adscrito a la Subsecretaría de Prevención y Promoción de la Salud, propuso la modificación de sus atribuciones para la actualización del Reglamento Interior de la Secretaría de Salud, mismo que está en proceso de firma y publicación.