El ámbito de salud está integrado por tres secretarías: Seguridad y Salud en el Trabajo, Higiene Industrial y Bienestar de la Salud.

La primera tiene a su cargo establecer políticas de prevención de riesgos de trabajo con el objeto de garantizar condiciones seguras y sanas en las áreas de trabajo. Debe promover la seguridad y la salud en el trabajo como medios para la obtención de mayor productividad en el IMP; fomentar una cultura de compromiso y cumplimento en materia de seguridad y salud en el trabajo en el IMP; y vigilar y verificar que el Instituto aplique de manera adecuada y oportuna las medidas de prevención y control de riesgos de trabajo.

Por su parte, la Secretaría de Higiene Industrial debe promover acciones para el diagnóstico de enfermedades originadas por el estilo de vida, crónico degenerativas o generales, con fundamento en los avances científicos y las normas oficiales aplicables, con el fin de desarrollar planes y programas de acción que mejoren y protejan la salud de los trabajadores.

La Secretaría de Bienestar de la Salud es la responsable de gestionar y verificar ante las autoridades del ISSSTE y del IMP que se brinden los servicios médicos adecuados y oportunos, con fundamento en la Ley, con el objeto de proteger, conservar o mejorar la salud o calidad de vida de los trabajadores del IMP.